ในช่วงวิกฤตการณ์การเมืองในประเทศไทย พ.ศ. 2548-2551 พล.อ.ปฐมพงษ์เป็นผู้ที่นำนายทหารให้การคุ้มครอง นายสุนัย มโนมัยอุดม อดีตอธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษ (ดีเอสไอ) จากสนามบินสุวรรณภูมิขณะเดินทางกลับจากต่างประเทศ ให้รอดพ้นจากการจับกุมของตำรวจตามหมายจับที่ภายหลังศาลตัดสินว่า เป็นหมายจับที่มิชอบด้วยกฎหมายจากนั้นได้แต่งเครื่องแบบเต็มยศขึ้นเวทีของพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตยหลายครั้ง พร้อมได้แสดงจุดยืนว่าอยู่ข้างพันธมิตรฯ ในเหตุการณ์การสลายการชุมนุมหน้าอาคารรัฐสภา 7 ตุลาคม พ.ศ. 2551 พล.อ.ปฐมพงษ์ ซึ่งเกษียณอายุราชการแล้วมีบทบาทเป็นผู้เจรจากับผู้บังคับบัญชาตำรวจก่อนจะมีเหตุการณ์ และถูกผลักจนได้รับบาดเจ็บรักษาตัวที่โรงพยาบาลด้วย

ปัจจุบัน พล.อ.ปฐมพงษ์ เป็นประธานและผู้ก่อตั้งองค์กรอุณาโลม ซึ่งเป็นองค์กรอิสระทำหน้าที่ปลูกฝังอุดมการณ์รักชาติ ศาสนา พระมหากษัตริย์ และให้ข้อเสนอแนะรัฐบาลด้านการทหารและการพัฒนากองทัพ